广州中山大学附属第二医院现有职工2600多人，其中有长江学者特聘教授1人,正高职称84人，副高职称213人，所有临床医学、口腔临床医学学科均为硕士、博士点单位，现有博士生导师47人，硕士生导师127人。医院普通外科、神经内科、肾内科为国家重点学科参加单位;内分泌内科、妇产科、儿科、耳鼻喉科、泌尿外科、口腔科为广东省重点学科;心血管内科、骨外科、皮肤性病科为医院重点学科。医院年开放床位1300余张，年门诊量超过180万人次，年住院手术例数愈30000台，年出院病人愈43000人次。
广州中山大学附属第二医院医院实现了跨越式发展，涌现了一批特色医疗项目，如微创外科技术、乳腺外科、全国首例脐血干细胞移植治疗小儿地中海贫血、全国首例嗅鞘细胞移植治疗脊髓损伤、冠状动脉搭桥术及微创搭桥手术、乙状结肠代膀胱手术、大肝癌的综合性治疗、全国最小年龄亲体供肝移植术，心血管疾病的介入性诊断和治疗等，不仅显著提高了医院医疗技术水平和学科品牌，而且受到社会各界的普遍认可和高度赞扬;学科建设和科研工作实现了历史性突破，2009年医院所获科研经费突破4000万元，其中获得国家自然科学基金28项，总金额1021万元，居广东省医院首位;医学研究中心获批广东省重点实验室，实现了我院省级重点实验室“零”的突破，是我院学科建设的一个里程碑。
宋尔卫教授的研究获“2008年中国高校十大科技进展”。在nature medicine、nature biotechnology、cell等国际著名学术期刊上发表了有影响力的论文。妇产科学获得省级精品课程，填补了我院该项的空白。医院教学工作上注意发扬优良传统，勇于探索教学改革创新，在全体师生的努力下，医院应届毕业生在每年的考试中均名列前茅。医院还重视对中层干部管理知识的专项培训，使中层干部开拓视野，提高自身的管理水平，创新管理理念,增强管理能力。
广州中山大学附属第二医院体检中心是专职健康查体部门。业务范围包括单位、个人健康体检，入学、上岗前体检，机动车驾驶员年审换证体检，特殊工种人员体检，出国体检，婚前体检等。中心内设有内、外、妇、眼、耳鼻喉等专科体检，配套b超室、心电图室及各科检查室，提供系列不同档次的健康体检套餐，为单位团体及个人套餐体检者免费建立健康档案，提供健康教育、医学跟踪、保健咨询、院内转诊等一条龙服务。